oxygen

讀生物化學查資料時發現了這個軟體,由 Python 和 C/C++ 開發而成,可以用來繪製蛋白質與氨基酸等生物體內大分子的立體結構,雖然我現在還用不到這個,但爲了以後可能需要的時候先把他的安裝過程記下來,免得到時候真的需要時忘記有這個軟體。

PyMOL 官網


1. 下載主程式

依照平臺選擇載點,我是用 Linux,他也能用 conda 安裝呢!

PyMOL download


2. 解壓縮執行

解壓縮之後就可以執行啦,超簡單的 XD

tar -jxf PyMOL-2.3.0_66-Linux-x86_64-py37.tar.bz2
cd pymol
./pymol


3. 輸入序號

他是要收費的,但會給你30天免費試用,如果是學生或老師有教育版可以用在受限制的環境。

PyMOL


4. 從資料庫下載蛋白資料繪製

在指令列輸入 fetch 6HIN 從 PDB 下載血清素的模型來看看,真的是挺漂亮的。
也可以從 File -> Get PDB 來下載

Serotonin


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